永历二十五年，五月廿一，江户。
晨钟依旧在古都的上空回荡，但敲钟的人和听钟的人，心境已截然不同。自明军入城已过两日，江户的街面在一种强力的军事管制下，勉强维持着脆弱的秩序。然而，真正的变革，正从那些高墙深院的寺社和学问所中，悄然开始。
占据了原幕府二条城作为中军的刘文秀，在稳定了江户最基本的防务与民生后，立刻将目光投向了文化与宗教领域。这是陈永邦在密函中再三强调的重点，也是实现长久统治的关键。姬路焚书摧毁了武家与神国的历史叙事，而接下来，则需要对支撑这套叙事的精神体系——佛教、神道教以及东瀛化的儒学，进行一场彻底的“正本清源”与“移风易俗”。
为此，刘文秀派出了三支由文职官员、随军僧道以及精干的“肉侦队”成员组成的工作组，分赴江户三处最具代表性的宗教文化中心。
位于江户东山的知恩院，是东瀛净土宗的总本山，规模宏大，信众广布。此刻，在其庄严的御影堂内，气氛却压抑得令人室息。
以知恩院门主为首的数十名高阶僧侣，与明军派来的工作组相对而坐。工作组为首的，是一位年约四旬、面容清癯的文官，身旁跟随着一位身穿明式僧衣的中年僧人，以及数名面无表情的明军士卒和通译。
“贫僧慧明，来自大明金陵大报恩寺。”那明人僧人双手合十，声音平和，但自有一种来自中国佛教本山的雍容气度，“奉靖海侯与刘将军之命，与贵宗交流法义，厘清正信。”
知恩院门主是一位年过七旬的老僧，面容枯槁，他抬起眼皮，看了看慧明，又看了看他身旁那位文官和士兵，缓缓道：“阿弥陀佛。不知上国高僧有何见教？敝宗自法然上人开宗以来，一向秉承净土正念，专修念佛……”
“正是为此而来。”文官打断了他的话，他的声音不急不缓，却带着官方的威严，“据本官所知，贵宗在此地，似乎与所谓‘神国’之说，纠缠过深。不少寺院不仅供奉佛菩萨，亦参拜所谓‘神道’祭主，甚至有僧人兼任神官，行‘神佛习合’之事。此等不伦不类、淆乱正信之举，在我中华正统佛门看来，实为外道，近于邪见。”
这是直指东瀛佛教数百年来“神佛习合”（佛教与神道教融合）的根本特征。殿内一片哗然，不少僧侣面露愤慨之色。
“大人此言差矣！”一位年轻些的僧人忍不住抗辩道，“佛法广大，方便多门。在我东瀛，神道诸神亦是佛菩萨之化现，此乃‘本地垂迹’之说，乃是……”
“荒谬！”慧明僧人陡然提高了声音，面色肃然，“佛乃无上正等正觉，超越一切天神鬼神。岂有佛菩萨化现为区区一地一族之守护神之理？此等妄言，不仅亵渎佛法，更是为那些自称‘神裔’的伪朝提供依据，蛊惑人心，实为大患！”
他的话语犀利，直指核心。东瀛的“神佛习合”体系，特别是“天台神道”和“真言神道”，确实在理论上为天皇的神性和东瀛的“神国”地位提供了宗教背书。
文官接过话头，展开一卷盖着明军大印的文书，朗声宣布：“奉大明征夷靖海将军令！为肃清佛门，正本清源，特谕令如下：”
“一、自即日起，江户及所辖各寺院，不得再行任何‘神佛习合’之仪轨，不得在佛寺内供奉、祭拜神道神只，不得有僧人兼任神官。所有涉及‘本地垂迹’谬说的经疏、绘卷，限期上缴，统一处置。”
“二、所有寺院田产、户籍，需重新登记造册，由大明有司与佛门代表共同核验。不得隐匿，不得抗拒。”
“三、各宗派需推举通晓汉文佛典、持戒清净、深明大义之高僧，组成‘江户佛教事务会’，在慧明大师及本官指导下，负责厘定经义、规范仪轨、管理僧众，并协助官府宣讲大明律法与仁政。”
“四、鼓励各寺开设汉学堂，教授僧俗子弟学习汉文，诵读《金刚经》、《阿弥陀经》等正信佛典，以及《孝经》、《圣谕广训》等彰显人伦大义之书。所需经书，可向官府申领。”
“以上诸条，各寺务必遵行。抗命不遵者，以邪教论处，废黜僧籍，没收寺产。虔诚奉行者，不仅寺产可保，亦可受天朝敕封，享十方供养。”
文官念完，将文书交给身旁的士卒，由士卒转呈给知恩院门主。老僧接过文书，手指微微颤抖。这不仅是一纸命令，更是一道最后通牒，要求东瀛佛教斩断与神道教及旧政权的联系，彻底倒向大明，并成为新统治的文化辅助工具。
殿内一片死寂。所有僧人都看向门主。老僧沉默良久，终于抬起头，他的目光扫过殿内那些或愤怒、或惶恐、或绝望的面孔，最后落在文官和慧明脸上。他看到了对方眼中不容置疑的决心，以及殿外隐约可见的明军士卒的身影。
“阿弥陀佛……”他长长地宣了一声佛号，声音枯涩，“佛法在世间，不离世间觉。既是天朝上国为肃清正法而来……老衲……谨遵钧命。只是……此事关系重大，涉及各宗根本，尚需……与各山长老从长计议……”
“可以。”文官点头，“给你们三日时间。三日后，本官与慧明大师要看到‘江户佛教事务会’的名单，以及第一批上缴的禁书。至于各山意见……”他冷笑一声，“比叡山延历寺、东寺等处，亦有同僚前往宣谕。大势所趋，望贵宗好自为之。”
说完，他不再多言，与慧明等人起身离去。留下一殿面如死灰的僧人。
当天下午，在知恩院的藏经阁前，就堆起了一小堆被翻检出来的、涉及“本地垂迹”和神国思想的经疏和绘卷。负责清点的僧人神情木然，而一些年轻的学僧则躲在远处，望着那些即将被焚毁的经卷，眼中满是迷惘与不甘。
同一时间，位于江户上贺茂的贺茂别雷神社，气氛同样紧张。这是江户最古老、最重要的神社之一，祭祀着贺茂氏的氏神，与朝廷关系密切。
此刻，在神社的拜殿前，身穿白色狩衣和绯袴的神官们，与另一支明军工作组对峙着。这支工作组的成员更为特殊，为首的是一位身穿道袍、头戴混元巾的中年道士，以及一名面容精悍、腰佩短铳的“肉侦队”队正——正是已升为队正的吉野次郎。
“贫道清虚，龙虎山正一道士。”道士打了个稽首，声音清越，“奉天朝靖海侯法旨，前来勘验此地神祠，辨明正朔。”
为首的大宫司（神社最高神官）是一位年约六旬的老者，他强作镇定地回礼，用生硬的汉语道：“此地乃祭祀贺茂大神之神圣净域，不知……不知上国仙师有何见教？”
“见教不敢。”清虚道士微微一笑，目光却锐利地扫过神社内的建筑和神像（东瀛神社本不立神像，但受佛教影响，部分神社亦有），“只是听闻此地所奉之‘神’，与我中华道藏典籍、山川正神记载颇有不符，且多有牵附我中华先贤、帝王之处。此等淆乱神谱、妄称神异之举，在我道门看来，实为淫祀，不合天道正统。”
他的话直指东瀛神道教将中国人物（如徐福、秦始皇等）和思想吸收改造为东瀛神话一部分的现象，以及其与天皇神系的紧密绑定。
“仙师误会了！”一名年轻的神官激动地辩解，“我贺茂大神，乃是……”