第二层是存放b级忍术以及b级以下忍术非作战用途忍术的地方。进入条件：下、中忍，在战争作出贡献或任务a级任务一次、b任务五十次方能进入一次。中、下晋级也能有一次进入的机会。上忍可以自由的翻阅。
第三层是存放b级忍术以及a级非禁术忍术的地方，而且还将这些忍术的优点弱点进行了评价描述，更有的直接将克制的忍术写出。进入条件：上忍级别忍者其在战争中作出了贡献或者是在a级任务等级任务完成超过五十次每五十次进入一次。晋级上忍拥有一次进入的机会。
第四层是各个家族的血继秘术和秘术家族的特殊忍术存放地点，只对其家族忍者开放，而将这些忍术存放在这里也是因为害怕这些家族因为其家族长者如果在战争或者任务中突然去世而使得家族传承出现残缺而设定的，这一设定也使得木叶的众多家族对这个忍术馆不在生出那么大的敌意。
第五层也是最后一层，内部放着众多a级禁术以及所有超越了a级的忍术及s级甚至是神级、还有就是威力极强的a级非禁术却有着明显的可成长性忍术或者是无印忍术。而所谓的神级就是仙术和那些超越了s级的忍术的统称，而能够进入这一层的条件只有两个，第一便是由火影亲自带领进入挑选忍术。第二便是在战争中作出了卓越贡献或者s级等级任务超过五十个方能有选择的申请经过木叶高层同意后进入其中挑选忍术。
最苛刻的便是每次进入只能选定一个忍术，也许在中、下忍可能会出现漏洞，但是在第三层和第五层中都每一种忍术都设有极强的结界，一旦发现偷盗行为直接驱逐其木叶忍者的身份，而且也会废除查克拉。
宇智波秋站在第一层的中心位置抬头望着旋转的楼梯惊叹的说道：“真是很棒的格局呢，分科出数个房屋形成了十分清晰干练的风格，不愧是我师母的杰作呢”
这时三楼的楼层传来了惊讶的声音“呦秋你竟然出使雷之国回来了”
宇智波秋听到声音望去，只见大蛇丸正笑嘻嘻的看着自己，便笑着说道：“是的”说完起身踩踏着楼梯跳到了三楼。
大蛇丸看着宇智波秋的动作心中无奈的想到“这也就是你了，从第二层开始就有不下十几位的上忍监视着，也就是你宇智波秋能够被他们如此的无视了”
宇智波秋看着大蛇丸手中的卷轴疑惑道：“a级忍术，怎么不去上层这些忍术对你的作用其实已经不是很大了。”
大蛇丸笑着回道：“这个世界上没有没用的忍术，只有没有的人。在这里我能够学到的东西很多，比之学习那些超强的禁术，我认为还是先将基础打好比较好些”
宇智波秋点了点头认同的说道：“基础厚实却是对忍者以后的道路会有极强的推力，你现在的作法是最有眼光的不进五层也是很不错的选择”
大蛇丸笑着自嘲道：“再说我不是你，我也没有进入五层的资格啊”
宇智波秋一愣随即明白了过来，大蛇丸现在连s级任务都没有超过十个，怎么可能进入得了五层，而且三代火影虽然心软但是绝对不会因为大蛇丸是自己的弟子就在这种事情上放水。
宇智波秋看着有些失落的大蛇丸笑着说道：“走今天我带你去五层随意，当然不要太嚣张应该没人当做看见我们”
大蛇丸看着宇智波话语从嚣张变得越来越弱便知道宇智波秋有心带自己去但是又怕被人说闲话，但是宇智波秋的行动告诉大蛇丸宇智波秋是真心要带自己去。
大蛇丸随即摇了摇头说道：“算了。被你带进去可不是我想要的，再说我进不进不过是时间的问题罢了。在未来的几年战争中，难道你不认为我能够改变战争的格局做出卓越的贡献吗秋我可是大蛇丸啊”
看着露出了超级自信表情的大蛇丸，宇智波秋心中想到:“我不仅知道你是大蛇丸，我还知道木叶差点被你毁了你蛇叔的阴狠毒辣可是不会因为年纪而有所改变的现在我不过是想要改变你的那种孤独性格罢了”
大蛇丸指了指自己手上的忍术说道：“这是水无月一族送来的八种冰遁之中最为奇特的一中，而我要向你说的便是这个“冰遁冰棺椁”它的目的竟然是将死人冰封使其能够完整的保留其尸体。秋如果我们能够创造出一种令死人复活的忍术，在配合这种能够保留人尸体的忍术，那我们就不用在自己亲人兄弟战死之时悲伤了啊“
看着大蛇丸那渐渐疯狂的表情，宇智波秋不知道该怎么说，心中突然想到：“如果当时在我父亲去世的那个时候，我会这种冰遁该有多好如果真的能够创造出那种另死人完美复活的忍术，我想我母亲现在会更高兴吧老师要是在的话是不是会帮我调戏二代目呢真是想将二代目复活大声畅快的骂他一顿啊”
宇智波秋突然流下了眼泪，一把将大蛇丸手上的忍术夺了过来看了起来，随后叹气的说道：“我学不来这种水、风结合的忍术。”
大蛇丸笑着说道：“我学的会呢”
宇智波秋一愣随即笑道：“我送你一场大功勋过几天和我去涡之国吧”
大蛇丸也是知道宇智波秋和志村团藏暗中计划的人，知道宇智波秋向要给自己一个超级大的功勋，便点了点头。
木叶三十二年，在千手家的一处楼顶，千手绳树仰望着初代火影和二代火影的石像笑着自言自语说道：“这就是爷爷最珍贵的东西呢不最珍爱的村子”
这时纲手走了上来笑着说道：“怎么这么高兴啊绳树平常过生日都没有今天高兴呢”
千手绳树激动的说道：“老姐你不知道老师说明天就带我去做任务呢和大蛇丸老哥一起啊我们一起去涡之国呢好激动啊我终于要做a级任务了呢”
纲手看着十分激动的千手绳树，笑着拿出一个礼品盒递到千手神树的面前说道：“这是你的十二岁礼物打开看看吧”
千手绳树一脸郁闷的看着纲手说道：“我已经不是小孩子了不用给我生日礼物”但还是接过了礼品盒。
纲手笑着对千手绳树说道：“你在说什么呢你现在还不过是个小孩罢了”
千手绳树鼓着脸吐槽道：“师父在我这个年纪都已经上战场了呢对了还做了家督，所有我也不是小孩了”
纲手揉着千手绳树的头说道：“赶快打开来看看吧你一定会觉得很高兴哦”
千手绳树一手打下正在揉自己头的纲手的手一边吐槽道：“老姐会送我什么好东西，你自己的钱可都是花在了那个恶心的什么坊”
千手绳树打开了礼品盒看到里面的物业将其拿在手中，愣愣的看着震惊的说不出话来。