李振华就他从东北军区抽调人员向总部首长做了汇报，还特意提到了作战科长王继芳。总部首长考虑到部队在日本驻军的复杂性，完全答应了李振华的请求，这让他惊喜不已。总部首长还批准了李振华与我党海外经营机构联系的权力，进一步托底了我军今后驻日期间的驻军费用。我党海外经营机构在青霉素供不应求的情况下，获取了大量的资金。经营机构总部设在了香港，并在世界各国建立了分支机构，日本的经营分支机构也在积极筹备之中，总部首长授权日本经营分支机构接受香港总部和李振华驻日军队的双重管理。
总部首长让李振华在延安再待三天，叶首长、杨首长这两天也会到达延安，三人汇合后还将去重庆军委会一趟，接受正式调动命令，另外还有三人的受接仪式。杨文翰、李振华将被授予中将军街，叶司令被授予二级上将军街，国府在此处存在一部分拉扰、挑拨之意，但也有驻外部队外交对等方面的考虑。
三天后李振华跟着两位首长如期飞往了重庆，在军委会接受了正式命令。授衔仪式也如期召开，李振华发现常申凯也出现在了授衔仪式上。授衔仪式结束后，常申凯正式接见了三人，重庆八路军办事处周公也在场。常申凯在抗日战争中的角色具有复杂性和多面性，既有作为全国抗战领袖的正面贡献，也存在战略失误和政治局限。但总体来看，他确实在抗战中发挥了不可替代的领导作用，他是当时中国唯一具备国际承认和军事实力的领导人，没有他的领导，全国动员难以事物，抗战大局可能更早崩溃。
即使是单冲着这一点，常申凯也值得李振华表达出尊重，李振华诚心、郑重向他敬了一个军礼。常申凯是第一次见到李振华，从面相看其年轻的有点过份，但又显现出威严、冷峻之色。这是长期统兵，习惯于发号施令、决断生死，慢慢形成的一种不怒自威气势。常申凯出席授衔仪式很大一部分原因是冲着李振华来的，李振华参加中共的时间较短，没有经历过大革命时期，与那个时期共党相比，李振华并没表现出对国党太多的仇恨，这从他多次帮助国府就可以看出。常申凯有些幻想能在某种程度上影响李振华。李振华多次精确预测战役形势让他印象非常深刻，这也是常申凯见过驻日名单中有李振华时，立即就同意了我党驻日方案的原因。
常申凯对李振华非常热情，赞扬他帮助国军筹划，使国军多次勉于陷入被动。勉励他驻军日本后要展现出中国军队的风貌，为国争光。常申凯还放下身段以长者的身份询问李振华的个人境况，李振华含糊以对，好不容易糊弄过去。
接见完后，老首长杨文翰开玩笑道：振华，老常很欣赏你哦。
李振华苦笑，小声道：首长，老常这是没安好心啊！
同行的周公、叶司令、杨文翰看着李振华一脸的苦相，觉得有趣都笑了出声。
完成了各项出兵程序后，叶司令、杨文翰、李振华三人都飞往了山东，与部队汇合，作出兵前的最后准备。
日本投降后，针对日本战犯的清算工作开始启动。盟军最高统帅部于1945年9月发布逮捕令，对涉嫌策划和发动侵略战争的日本高层进行拘捕。逮捕包括前首相东条英机在内的首批39名甲级战犯嫌疑人。11月盟军发布第二批逮捕令，逮捕荒木贞夫等11人。绝大多数战犯被关押于东京的?巢鸭监狱?。
1946年1月19日，盟国最高统帅部根据《波茨坦公告》授权，发布《远东国际军事法庭宪章》，正式设立法庭，地点位于日本东京市谷的原陆军省大楼。东京审判的对象是28名日本甲级战犯，甲级战犯?是指犯有“破坏和平罪”（即策划、准备、发动或执行侵略战争），为国家最高层级的战争责任承担者。国府参加东京审判的代表团共17人，主要有以梅汝璈?为首的法官团队，以向哲濬为首的检察官团队，以倪征燠?为首的法律顾问团队。还有就是周锡卿?、张培基?、郑鲁达?、刘继盛?组成的翻译团队。代表团成员多出自上海法律界，尤以东吴大学法学院为骨干，形成了“一群上海法学家代表中国出征国际法庭”的独特历史图景。
乙、丙级日本战犯由各受害国在本地设立军事法庭分别审判。乙级战犯?是指犯有“普通战争罪”，如违反战争法规，多为未能约束军纪的指挥官。丙级战犯?是指犯有“违反人道罪”，如屠杀平民、虐待战俘等具体暴行实施者。国府也启动司法程序，9月国府开始筹划战犯处理机制，军令部、军政部、外交部等多部门启动战犯名单拟定与证据收集工作。11月国府成立“战争罪犯处理委员会”，并颁布《战争罪犯审判办法》等法律文件，正式确立战犯逮捕、引渡、拘押和审判的法律框架。12月起，国民政府在南京、上海、北平等10个城市设立军事法庭，系统性逮捕程序的启动。国府共逮捕?战犯1211名?，另拘押?战罪嫌疑犯2405名?。这些战犯主要涉及南京大屠杀、屠杀平民、虐待战俘、纵兵奸淫等严重暴行。还有一类特殊的是针对731等防疫给水部队反人类暴行战犯，由于日军使用细菌和化学武器对我国民众的暴行提前曝光，相关人员都遭到了拘压，辽东军区截获的731部队成员也移交到国府，相关的证据、资料我军复制后也进行了移交。
国府对汉奸的清算也在同步进行，抗战胜利后，国民政府就开始拘捕汉奸要犯。12月6日，修正《惩治汉奸条例》，明确对汉奸罪的量刑标准：情节严重者处死刑或无期徒刑，情节轻微者处五年以上有期徒刑。审判工作由各地高等法院主导，军统负责前期逮捕与侦查。国府初期曾利用部分汉奸维持战后秩序，待局势稳定后才展开清算。国府对汉奸惩治并未做到彻底清算，因政治等方面的考量，国府肃奸呈现出“大汉奸重判、小汉奸轻放甚至被收编”的选择性惩处格局，整体清算过程受政治、军事和派系因素影响显着，未能实现全面正义。